В человеческом организме найден сверхраспространённый вирус, о котором мы не знали до сегодняшнего дня | Gearmix
25.07.2014 15:11
Источник перевод для gearmix ()

Учёные только что заявили об открытии нового, невероятно распространённого вируса, который живёт внутри человеческих кишечных бактерий. Он получил название «crAssphage» и почти в шесть раз более распространён, чем все остальные бактериальные вирусы вместе взятые. Но как мы сумели не замечать его столько времени?

Phage2


Причина того, что мы не нашли crAssphage раньше, заключается в том, что мы и не знали, что его надо искать. Вот что это означает.

Хотя новые технологии секвенирования становятся всё более быстрыми и дешёвыми, они по-прежнему имеют одну слабость: они хороши для обнаружения вещей, о существовании которых мы уже знаем, но они плохо подходят для поиска новых организмов. Когда исследователи изучают органический образец, они получают суп из фрагментов ДНК всех живых существ, имеющих отношение к этому образцу – бактерий, вирусов и самого человека. Затем эти фрагменты необходимо собрать в последовательности, которые мы можем идентифицировать. Если мы обнаруживаем цепь, специфичную для генома некоторой бактерии – значит, мы нашли эту бактерию в образце.

Проблема же заключается в том, что если мы ещё не знаем последовательности неизвестного нам вируса – мы не можем его обнаружить с помощью этой техники. А фактически, автор нового исследования crAssphage Бас Датил сообщает, что им неизвестны почти 75 процентов ДНК-последовательностей в изученных ими образцах.

Найти новый вирус команда Датила смогла, применив совсем другой подход, основанный на простой идее: фрагменты, которые раз за разом встречаются в одном и том же образце, с большой долей вероятности являются частями одного генома. Они использовали технику так называемой кросс-сборки для идентификации одной такой группы повторяющихся последовательностей в образцах, взятых у 12 людей. Затем они собрали эти последовательности в единый геном.

И получили именно это: вирус crAssphage, названный так в честь техники кросс-сборки (cross-assembly), которая привела к его открытию. Они установили, что crAssphage живёт внутри Bacteroides – распространённой группы бактерий, обитающих в нашем кишечнике.

В результате исследований, команда обнаружила crAssphage в 75% кишечных последовательностей людей в США, Европе, и Южной Корее. Мы пока не знаем, что именно делают эти фаги в нашем кишечнике, но они совершенно точно играют некую роль в нашей кишечной микробной экосистеме.

И напоследок занимательный факт: учёные подсчитали, что в нашем теле примерно в 100 раз больше вирусных частиц, чем собственно человеческих клеток. Так что нам предстоит ещё много работы, чтобы выяснить, чем мы являемся на самом деле.


ПОХОЖИЕ ЗАПИСИ


© Gearmix 2013
Права на опубликованный перевод принадлежат владельцам вебсайта gearmix.ru
Все графические изображения, использованные при оформлении статьи принадлежат их владельцам. Знак охраны авторского права распространяется только на текст статьи.
Использование материалов сайта без активной индексируемой ссылки на источник запрещено.

Понравилась статья?
Поделись с друзьями!

x
  1. R:

    В «Матрице» же говорили: «Человек — это вирус планеты». Да-да, всё, к чему бы мы ни прикасались, в итоге становится Г… мусором.